MTsN 2 Kota Padang yang terletak di desa Durian Tarung Kelurahan Pasar Ambacang Kecamatan Kuranji Kota Padang pada awal tahun berdirinya merupakan prakarsa dan perjuangan masyarakat Durian Tarung yang dipelopori oleh tokoh-tokoh pemuka masyarakat yang menginginkan adanya pendidikan Islam di Durian Tarung khususnya dan Kecamata Kuranji pada umumnya. Maka terwujudlah sebuah Lembaga Pendidikan Islam yang pertama yang berdiri pada tanggal 22 Maret 1969 dengan nama Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Swasta (MTsAIS) Durian Tarung Kab. Padang Pariaman yang berlokasi di TK Aisyiyah 22 Durian Tarung Padang sekarang ini. Madrasah ini pada tahun pertama memiliki hanya 15 orang siswa, yang terdiri dari 6 orang laki-laki dan 9 orang perempuan. Adapun tenaga pendidiknya dan pegawainya adalah putra putri daerah Durian Tarung.
MTsAIS Durian Tarung Kab. Padang Pariaman yang masih berstatus swasta yang dikelola oleh yayasan anak negeri akhirnya berubah menjadi sekolah negeri dengan nama MTsAIN Durian Tarung Kab. Padang Pariaman dengan SK Menteri Agama RI Nomor : 94 tanggal 30 Juni 1970 tentang Perubahan Status MTsAIS Durian Tarung Kab. Padang Pariaman menjadi MTsAIN Durian Tarung Kab. Padang Pariaman dengan Kepala Madrasah pertama yaitu Bapak Mauzar, BA. Kemudian pada tahun 1978 MTsAIN Durian Tarung Kab. Padang Pariaman berubah nama menjadi MTsN Durian Tarung Padang dengan Kepala Madrasah Bapak Drs. Syamsir Samah. Perubahan nama menjadi MTsN Durian Tarung Padang sejalan dengan masuknya keecamatan Kuranji kedalam wilayah administrasi pemerintah kota Padang pada tahun 1980 dan terpisah dari Kab. Padang Pariaman.
Seiring dengan perkembangan otonomi wilayah Kementerian Agama Republik Indonesia dalam hal perubahan nama-nama madrasah, maka MTsN Durian Tarung Padang berubah nama menjasi MTsN 2 Kota Padang pada tahun 2017 sampai sekarang. MTsN 2 Kota Padang berada dibawah naungan Kantor Kementerian Agama Kota Padang.
Sejak tahun berdiri tahun 1969 sampai sekarang tahun 2020 MTsN 2 Kota Padang sudah dipimpin oleh Kepala Madrasah sebanyak 11 orang. Adapun Kepala Madrasah yang memimpin MTs N 2 Kota Padang tercantum pada table dibawah ini:
